Pada musim 1992/1993 Pupuk Kaltim kembali berlaga di Winners Asia Cup.Namun sayang langkah mereka kembali terhenti oleh Nissan FC yang telah berganti nama menjadi Yokohama F.Marinos di babak kedua.

Di era Liga Indonesia Zulkarnaen Pasaribu menangani Putra Samarinda, Semen Padang, Persela Lamongan dan PSSB Biruen. Selain itu Zulkarnaen Pasaribu juga sempat menangani Tim Aceh pada PON 1996.

Pada tahun 2010 Zulkarnaen Pasaribu sempat kembali ke PSMS Medan yang saat itu berlaga di Divisi Utama Liga Indonesia.Namun sayang kiprahnya tidak lama bersama klub yang telah membesarkannya tersebut.

Salah satu yang dikenang dari Zulkarnaen Pasaribu adalah sosoknya yang mudah bergaul dan senang membantu. Ketika masih aktif sebagai pemain dan pelatih di Bintang Utara dirinya menampung 2 rekannya Suparjo dan Murtono. Demikian juga ketika dirinya melatih di Pupuk Kaltim. Beberapa anak asuhnya di Medan Jaya yang dibawanya ke Pupuk Kaltim ditampung di rumahnya.

Hal ini tidak lepas dari pengalamannya ketika diboyong dari Aceh ke Medan oleh ketua POR Bintang Utara Bakaruddin Yusuf. Dirinya ditampung dan dianggap anak oleh Bakaruddin Yusuf. Pengalaman sebagai perantau inilah yang sangat berkesan di hatinya dan kemudian membuat dirinya melakukan hal yang sama kepada sahabat dan anak asuhnya.

Walau lama merantau ke luar Sumut Zulkarnaen Pasaribu tetap menjalin hubungan baik dengan rekan – rekannya di PSMS. Bakat sepakbolanya turun kepada salah satu putranya Rulizar Pasaribu yang sempat memperkuat PSMS Jr, Medan Jaya dan beberapa klub lainnya.

Pada 13 Oktober 2019 Zulkarnaen Pasaribu menghembuskan nafasnya yang terakhir dalam usia 75 tahun di kediamannya di Komplek DMC III Jatiwaringin Bekasi Jawa Barat.Kepergiannya meninggalkan duka yang dalam bagi insan sepakbola nasional.

Beberapa mantan pesepakbola Nasional seperti Yuswardi yang merupakan rekan seangkatannya di PSMS,legenda Persija Oyong Liza dan mantan anak - anak asuhnya turut hadir di rumah duka dan memberangkatkan jenazahnya ke tempat peristirahatannya yang terakhir.

Sebuah kisah tentang prestasi hebat Legenda PSMS Medan Zulkarnaen Pasaribu yang sukses sebagai pemain dan pelatih.